مرکز مدیریت حوزههای علمیه کشور با صدور بیانیهای راهبردی درباره متن تفاهم اخیر، ضمن تأکید بر اینکه این سند همه مطالبات رهبر معظم انقلاب و ملت ایران را تأمین نمیکند، اعلام کرد: عبارت «بنده علیالاصول نظر دیگری داشتم» در پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی به وضوح دلالت بر اختلاف نظر ایشان با اعضای شعام در مورد مفاد یادداشت تفاهم دارد.
مرکز مدیریت حوزههای علمیه کشور در بیانیهای اقدام نخنما، سیاسی و فاقد هرگونه وجاهت حقوقی اتحادیه اروپا در تروریستی خواندن سپاه پاسداران را محکوم کرد.
در پی اظهارات سخیف و توهینآمیز رئیسجمهور آمریکا علیه رهبر معظم انقلاب اسلامی، نهادهای مختلف حوزوی با صدور بیانیههایی جداگانه، این سخنان را محکوم کرده و بر ایستادگی قاطع در برابر هرگونه اهانت به ساحت مرجعیت و ولایت فقیه تأکید کردند.
مرکز مدیریت حوزه های علمیه تصریح کرد: «ماراتن ۵۰۰۰ نفره کیش» از مصادیق نگرانکننده اندلس سازی جامعه است. بیتوجهی به عفاف و حجاب پیامدهای خطرناکی در عرصه فرهنگی و اجتماعی به دنبال خواهد داشت.
مرکز مدیریت حوزههای علمیه در بیانیه ای به مناسبت سالروز تخریب قبور مطهر ائمه بقیع(ع) آورده است: تخریب قبور ائمه بقیع نماد تفکری متحجر، افراطی و ضداسلامی است که تاکنون جز خشونت، تفرقه و تحریف چهره نورانی اسلام، ثمری در پی نداشته است.
مرکز مدیریت حوزه های علمیه در پی هتک حرمت سرزمین وحی ضمن محکوم کردن برنامه فاسد،شنیع و زشت از دولت سعودی می خواهد که با عاملان این مراسم ضددینی با اشدّ مجازات برخورد کند.