اسناد ساواک نشان می‌دهد که آیت‌الله جنتی تنها دو ماه پس از تبعید امام (ره) در جریان سفرهای تبلیغی در استان خوزستان مواضع خود را نسبت به رژیم آشکار کرده است. در گزارشی از ساواک در این خصوص آمده است:
«آقای جنتی ضمن وعظ در مسجد از مقامات دولتی انتقاد می‌نماید.
ساعت ده شب مورخه ۲۸ دی ماه ۴۳ در مورد اجرا نشدن قانون در ایران بحث نموده.
ساعت ۸ شب ۳۰/۱۰/۴۳ در مورد بی‌اساس بودن قضاوت قضات ایران صحبت می‌کرده و اظهار داشته چون ایران کمونیست شده است عنقریب آشوبی در ایران بپا خواهد شد. ضمناً در اواخر سخنرانی خود فقط به آیت‌الله خمینی دعا می‌کند.»
در پی این سخنرانی انتقادی، ساواک خوزستان از ادامه برگزاری مجالس و منبر ایشان جلوگیری و وی را مجبور به بازگشت به قم کردند
«چون صحبت‌های وی دو پهلو تشخیص داده شد مدتی از منبر رفتن وی جلوگیری و ترتیب داده شد که به قم حرکت نماید.»
از دیگر اقدامات آیت‌الله جنتی پس از تبعید امام(ره) در سال ۱۳۴۳، شرکت در تحصن اعتراضی در منزل مراجع قم پس از صدور حکم اعضای«هیئت‌های موتلفه اسلامی» به دنبال ترور حسنعلی منصور بود.
متحصنین که در حدود ۵۰ نفر بودند در سه گروه ۱۵ تا ۲۰ نفری در منازل سه تن از علمای طراز اول قم متحصن شده و اعلامیه‌ای نیز در این خصوص صادر کردند. آیت‌الله جنتی یکی از سخنرانان این تحصن بودند. این تحصن که با راهپیمایی همراه بود در شهرهای مختلف کشور بازتاب زیادی داشت.
انتشار چند نامه سرگشاده و اعلامیه برای آیات عظام و مقامات ارشد رژیم پهلوی از دیگر اقدامات آیت‌الله جنتی در زمستان ۱۳۴۳ بود. در تاریخ ۲۹/۱۱/۱۳۴۳ نامه سرگشاده‌ای با امضا «حجج اسلام و فضلاء حوزه علمیه قم» برای«امیر عباس هویدا» نخست‌وزیر وقت منتشر شد که در آن به تبعید حضرت امام (ره) اعتراض شده بود:
« … ما برای حفظ مصالح عالیه اسلام و کشور عزیز جداً می‌خواهیم به منظور پایان دادن به وضع خطرناک موجود و رفع اختناق و رفاه حال عامه مردم فکری کنید و به خواسته‌های مردم ترتیب اثر دهید. طبقات مختلف کشور بالخصوص علمای اعلام و بالاخص حوزه علمیه قم که مرکز هدایت و پرورش کشور است منتظرند که هرچه زودتر به وضع موجود خاتمه داده شود و مخصوصاً در اسرع اوقات، رهبر شیعیان، مرجع عالیقدر، حضرت آیت‌الله‌العظمی آقای خمینی مدظله علی رؤس‌المسلمین را به قم عودت داده و سایر علما و دانشمندان، اساتید محترم دانشگاه و دانشجویان و اصناف، تجار و متدینین را آزاد نموده و بیش از این نسبت به احساسات پاک و گرم مردم بی‌اعتنایی نشود.»
در اعلامیه‌ای دیگر خطاب به هویدا، درباره هجوم مأموران رژیم شاه به حرم مطهر حضرت معصومه(س) و دستگیری علماء و روحانیون هشدار داده شده بد:
«ما مجدداً بر حسب وظیفه شرعی و وجدانی خود به خاطر حفاظت از اسلام و تعالی کشور و احیای قانون اساسی تذکر می‌دهیم که ادامه این روش نتیجه‌ای جز منفوریت هرچه بیشتر دستگاه حاکمه، و ایجاد عقده‌های خطرناک روحی برای مردم ستمدیده ندارد، و باید هر چه زودتر به این مظالم خاتمه داده شود، و به جای ایجاد این همه نارضایتی در طبقات مختلف مردم فکری برای تأمین حقوق انسانی و بهبود بخشیدن به اوضاع بی‌ سر و سامان اقتصادی و سایر شئون زندگی ایشان شود، و با الغای تصویب‌نامه‌های ضد دینی و ارجاع زعیم عالیقدر حضرت آیت‌الله العظمی آقای خمینی و آزاد کردن زندانیان بی‌گناه موجبات رضایت ملت مسلمان را فراهم آورده، و از فاصله عمیقی که بین ملت و دولت پیدا شده و قهراً به ضرر کشور و به نفع اجانب است، بکاهید.»
نامه سرگشاده دیگری که آیت‌الله جنتی در تهیه و انتشار آن نقش داشت، با عنوان «جمعى از حجج‌اسلام و محصلین اصفهانى حوزه علمیه قم» تاریخ ۲۶/۱۲/۱۳۴۳  خطاب به هویدا نخست‌وزیر منتشر شد.
«دیر زمانى است که هیئت حاکمه ایران در این مملکت مذهبى دست به عملیاتى زده که مخالف قوانین مقدسه اسلام مى‏باشد … در این مدت علما اعلام و مراجع و آیات عظام بخصوص مرجع تقلید شیعه حضرت آیت‏الله‏ العظمى آقاى خمینى مدظله العالى آنچه لازمه خیرخواهى و نصیحت بود تذکر دادند. متأسفانه دولت به جاى اینکه رویه خشونت‏آمیز خود را تغییر دهد حضرت معظم را که یکى از مراجع مسلم تقلید است و مصونیت قانونى دارند به جرم دفاع از حریم قرآن و اسلام و حمایت از استقلال کشور و اعتراض به مصونیت مستشاران نظامى آمریکا به خارج از کشور تبعید کرد و بسیارى از علما و مبلغین اسلامى و اساتید دانشگاه و دانشجویان و تجار و اصناف مختلفه از متدیّنین را به جرم پشتیبانى از علما اعلام و دفاع از حریم مقدس قرآن به سیه چالهاى زندان انداخت.
جناب آقاى هویدا، در دنیاى امروز که حتى ملل نیم وحشى بندهاى استعمار را پاره مى‏کنند و از هرگوشه دنیا نغمه و ترانه‏هاى آزادى به‏گوش مى‏رسد با زجر و فشار نمى‏شود مملکت را اداره کرد انتظار مى‏رود دولت جنابعالى به احساسات پاک و گرم مردم توجه کرده و به اصول آزادى و قوانین مسلمه اسلام احترام و با الغاء تصویب نامه‏هاى ضد دینى و ارجاع زعیم عالیقدر حضرت آیت‏الله‏العظمى آقاى خمینى و آزاد کردن سایر زندانیان بى گناه نواقص دولت‏هاى گذشته را جبران نموده و علاقه خود را نسبت به قانون اساسى و احکام مقدسه اسلام و استقلال کشور اظهار دارد.»