فعالیت‌های آیت‌الله جنتی در سال ۱۳۴۳ باعث شد که ساواک کنترل سخنرانی‌های ایشان را در دستور کار قرارداده و پرونده‌ای برای ایشان تهیه شود. سند زیر در سال ۱۳۴۴ به این موضوع اشاره دارد:
«به مامورین مربوطه آموزش لازم داده شد که مراقبت‌های لازم را معمول در صورت استماع اظهارات خلاف از شخص مورد نظر طبق دستور صادره اقدام نماید.»
گزارش‌های ساواک نشان می‌دهد که آیت‌الله جنتی در سال ۱۳۴۴ نیز همچنان با مشارکت در تهیه اعلامیه و صدور تلگراف فعال بوده است. انتقال حضرت امام (ره) در مهر ماه ۱۳۴۴ از ترکیه به عراق که محیط مناسب‌تری برای یک عالم شیعی داشت، باعث خرسندی یاران امام شد. آیت‌الله جنتی و سایر اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به همین مناسبت با صدور اعلامیه‌هایی برای حضرت امام(ره) نسبت به این موضوع واکنش نشان دادند:
«گر چه انتقال حضرتعالی از ترکیه به عراق از این جهت که محیط مناسب‌تری است مایه خوش‌وقتی [است]، ولی ادامه محرومیت ملت ایران و مخصوصاً حوزه علمیه قم از افاضات آن مرجع عظیم‌الشأن موجب افسردگی شدید عموم است. امیدواریم در آینده نزدیک با مراجعت حضرتعالی به قم مردم ایران از نعمت رهبری‌های ارزنده آن زعیم عالیقدر که موجب مصالح عالیه عموم اسلام و مسلمین است بهره‌مند گردند.»
در همین زمان مجدداً نامه سرگشاده‌ای با امضای «حجج اسلام و فضلا و محصلین حوزه علمیه قم» خطاب به حضرت امام خمینی (ره) منتشر و خواستار مراجعت ایشان به کشور شدند:
«هر چند انتقال حضرت‌عالی از ترکیه به عتبات عالیات از جهتی مایه خرسندی است ولی ادامه تبعید آن مرجع عالی‌قدر که به خاطر دفاع از قرآن و حقوق ملت اسلام و حمایت از استقلال و تمامیت ارضی کشور اسلامی ایران صورت گرفته است بسی موجب تأثر و تنفر عموم ملت ایران است. ملت شریف مسلمان ایران و حوزه علمیه قم که از منویات مقدس آن قائد عظیم‌الشأن پیروی می‌کنند و برای تأمین و اجرای آن[از] هیچ‌گونه فداکاری دریغ ندارند انتظار دارند که به زودی موانع برطرف شود تا با مراجعت حضرت‌عالی به حوزه علمیه قم و با تدبیرات خردمندانه و رهبری‌های ارزنده آن زعیم عالی‌قدر مصالح عالیه اسلام و ایران و حقوق از دست رفته ملت تأمین گردد. ادام الله ظلکم علی رؤوس الانام».
منسجم‌کردن فعالیت‌های سیاسی یاران امام(ره)
در اواخر سال ۱۳۴۴ در جلسه‌ای در منزل آیت‌الله مشکینی تعدادی از مدرسین و فضلای حوزه علمیه قم از جمله آیت‌الله جنتی، تصمیم‌ مهمی در خصوص مبارزه با رژیم پهلوی و دفاع از امام(ره) گرفتند که در روند حرکت انقلابی نیروهای مذهبی اهمیت زیادی دارد:  
«در ساعت ۲۱ روز ۲۳/۱۲/۴۴ علی حجتی کرمانی، جنتی اصفهانی، ربانی شیرازی، احمد آذری و منتظری اصفهانی در منزل میرزا علی مشکینی  جلسه‌ای تشکیل داده و تصمیماتی به شرح ذیل اتخاذ نموده‌اند.
۱- برای مراجعت خمینی اعلامیه‌هایی در ایام عید چاپ در قم و تهران و سایر شهرستان‌‌ها پخش نمایند.
۲- مراجعه دسته‌جمعی به منزل روحانیون طراز اول و تقاضا از آنان جهت اخذ تصمیمات شدیدتری به منظور اعاده خمینی به قم
۳- چنانچه این اقدامات موثر واقع نگردید تصمیمات شدیدتری از قبیل تهدید و ارعاب و حتی ترور گرفته شود.»
اهمیت این جلسات به حدی بود که باعث واکنش شدید سپهبد نصیری رئیس ساواک شده و ناصر مقدم مدیرکل اداره سوم، خواستار دستگیری«موزعین هر نوع اعلامیه و تراکت مضره» شد. به این ترتیب در دوم فروردین ماه ۱۳۴۵ «آیت‌الله عبدالرحیم شیرازی»،«آیت‌الله احمد آذری قمی» و «آیت‌الله حسینعلی منتظری» دستگیر شدند. آیت‌الله جنتی به همراه روحانیون و جامعه مدرسین حوزه‌ علمیه قم‌ خطاب به‌ مراجع‌ عظام‌ عراق‌ و ایران‌ به این اقدام رژیم اعتراض کردند.
«ما مدرسین‌ و محصلین‌ حوزه علمیه قم‌ از پیشگاه‌ مبارک‌ تقاضا داریم‌ که‌ دستور فرمایید: اولاً مراتب‌ تأثر و تنفر عموم‌ روحانیت‌ ایران‌ به‌ جهت‌ دستگیری‌ اساتید بزرگ‌ حوزه علمیه قم‌ به‌ مقامات‌ مسؤول‌ ابلاغ‌ گردد.
ثانیاً پس‌ از استیضاح‌ مقامات‌ مربوطه‌ راجع‌ به‌ این‌ عمل‌ غیر قانونی‌ و بیشرمانه رفع‌ مزاحمت‌ از اساتید عظیم‌الشأن‌ حوزه علمیه قم‌ و سایر بازداشت‌ شدگان‌ بیگناه‌ خواسته‌ شود. ثالثاً به‌ مقامات‌ مسؤول‌ کشور تذکر داده‌ شود آنها که‌ به‌ چنین‌ اقدامات‌ گستاخانه‌ای‌ دست‌ می‌زنند، دانسته‌ یا ندانسته‌، مقدمات‌ یک‌ انفجار عمیق‌ را در حوزه علمیه قم‌ و سایر نقاط‌ کشور فراهم‌ می‌نمایند.»
در تاریخ ۳۰/۱/۱۳۴۵ آیت‌الله جنتی نیز توسط ساواک قم دستگیر شد. پس از بازرسی و تفتیش منزل و کشف تعدادی اعلامیه و کتاب حضرت امام (ره)، ایشان را در ساواک قم به عنوان «یکی از محرکین و طرفداران خمینی» مورد بازجویی قرار داده و سپس به تهران منتقل و در زندان قزل قلعه به اتهام «اقدام علیه امنیت داخلی مملکت و همکاری و هماهنگی با جناح‌های افراطی مذهبی و همچنین ضبط و پخش اعلامیه و نشریه‌های مضره» بازداشت کردند.
آیت‌الله جنتی پس از ۷۷ روز بازداشت در تاریخ ۱۴/۴/۱۳۴۵ آزاد شد. استقبال مردم از ایشان و دیگر روحانیون آزاد شده در اسناد ساواک انعکاس یافته است:
«طبق اطلاع چهار نفر از متهمین زندانی به اسامی: شیخ علی اصغر مروارید   2- شیخ حسین نوری ۳- جنتی و فهیم کرمانی در سه‌شنبه ۱۴/۴/۴۵ بدون اطلاع این ساواک از زندان آزاد و به شهر قم مراجعت، ورود آنان مصادف با میلاد حضرت رسول بوده و عموماً بالاخص شیخ علی اصغر مروارید در منزل جمعیت زیادی به دیدن وی رفته‌اند.»
پس از آزادی آیت‌الله جنتی، مقدم مدیرکل اداره سوم ساواک از ساواک قم خواستار کنترل ایشان شد:
«دستور فرمایید کماکان اعمال و رفتار مشارالیه وسیله منابع مربوطه تحت کنترل قرار گیرد.»