دکتر رضا فرجی دانا در سفر امروز خود به  شهر مقدس قم با مراجع معظم تقلید؛ صافی‌گلپایگانی ، جوادی آملی ، وحید خراسانی و موسوی اردبیلی  دیدار نمود . همچنین آیات عظام مکارم شیرازی ، نوری همدانی و سبحانی ایشان را جهت دیدار به حضور نپذیرفتند.

به گزارش قم نا ، با وجود آنکه وزرای دولت یازدهم در سفرهای خود به قم ، امکان دیدار با اکثریت مراجع اعظام قم را پیدا نمودند و با مراجع به نام قم دیدارهای انجام داند ، اما وزیر علوم به این امکان دست نیافت و در سفر امروز خود به قم برای انجام دیدار با آیات عظام مکارم شیرازی، نوری همدانی و سبحانی ناکام ماند . پیش از این نیز دکتر جعفر توفیقی به عنوان سرپرست وزارت علوم در سفری به قم نتوانست به دیدار آیات عظام مکارم شیرازی و سبحانی برود.

نارضایتی علما و مراجع تقلید قم از عملکرد غیراعتدالی وزارت علوم به ویژه در امر انتصابات و بر سر کار آوردن برخی افراد فعال در فتنه در بدنه وزارت علوم، می تواند از جمله دلایل عدم تحقق این گونه دیدارها  باشد .

گفتنی است فرجی دانا در سفر یک روزه خود به قم در استانداری و نیز دانشگاه قم به ایراد سخن پرداخته و جلساتی نیز با اساتید و دانشگاهیان خواهد داشت.